Erhvervshavnen i Nykøbing bliver benyttet af muslingefiskerne, der losser muslinger.
Jævnt fordelt hen over året bliver der desuden losset korn, foderstoffer, træpiller og meget andet fra coastere.
der ud over bliver erhvervshavnen benyttet af fritidsfiskere.
Lystbådehavnen i Nykøbing Mors er privat selvstændig lystbådehavn. Se mere om Morsø Sejlklub og Marina.