Erhvervshavnen i Nykøbing bliver benyttet af muslingefiskerne, der lodser muslinger.
Jævnt fordelt hen over året bliver der desuden lodset korn, foderstoffer, træpiller og meget andet fra coastere.
der ud over bliver erhvervshavnen benyttet af fritidsfiskere.
Lystbådehavnen i Nykøbing Mors er privat selvstændig lystbådehavn. Se mere om Morsø Sejlklub og Marina.